有基礎(chǔ)不同、特點不同、對象不同。特點不同：儀器分析靈敏度高、取樣量少、能進行多信息或特殊功能的分析、在低濃度下的分析準(zhǔn)確度較高。化學(xué)分析是集分離和測定于一體，是多組分物質(zhì)高效、快速、靈敏的分析方法。
基礎(chǔ)不同：儀器分析是以物質(zhì)的物理和物理化學(xué)性質(zhì)為基礎(chǔ)建立起來的一種分析方法。利用較特殊的儀器，對物質(zhì)進行定性分析，定量分析，形態(tài)分析。化學(xué)分析通過適當(dāng)?shù)姆椒ㄈ绯恋怼]發(fā)、電解等使待測組分轉(zhuǎn)化為另一種純的、化學(xué)組成的固定的化合物而與樣品中其他組分得以分離，然后稱其質(zhì)量，根據(jù)稱得到的質(zhì)量計算待測組分的含量。對象不同：儀器分析的分析對象一般是半微量（0.01~0.1g）、微量（0.1~10mg）、超微量（0.1g）組分的分析，準(zhǔn)確度高。化學(xué)分析以工業(yè)上的原材料、半制品、成品、農(nóng)業(yè)上的土壤、肥料、飼料以及交通運輸上的燃料、潤滑劑等為對象。